GeT: le Chromium de 10x Genomics
Au cours de cette année, la plateforme GeT a renforcé son offre technologique en « single molecule » et « cellule unique ». En effet, il y a 5 ans, la plateforme s’était positionnée parmi les premiers en « early access » sur un automate de préparation « Single Cell » : le C1 de la société Fluidigm.
Le Système « Single Cell » C1, basé sur une technologie microfluidique, permet d’isoler et traiter de 96 à 800 cellules pour des analyses d’expression ciblées (sur 96 cibles) et du séquençage NGS sur acides nucléiques (mRNASeq pleine longueur, 3’ ou DNASeq). Fin 2016, la plateforme s’est équipée d’une machine permettant de façon massive et parallèle l’isolement d’une cellule dans une gouttelette et ce jusqu’à 10000 cellules et de préparer des librairies 3’ barcodées à partir des ARNm contenus dans chaque gouttelette. Cette machine est le Chromium de la société 10x Genomics. Après préparation des librairies, le séquençage s’effectue sur HiSeq3000 (50 à 100k reads par cellules) d’Illumina.
Cette nouvelle technologie vient en complément du C1 et permet, à l’échelle de la cellule, de réaliser des études de diversité cellulaire et de caractériser l’ensemble des populations présentes dans un échantillon.